花蓮縣環境保護局今日針對有關秀姑巒溪輿情表示，秀姑巒溪劃歸屬於中央列管河川，中央並已分設水質監測站，分別為玉里大橋、太平溪橋及瑞穗大橋等三處。環保局指出，中央近年來分析其污染程度，秀姑巒溪水中、下游歷年主要污染物為-生化需氧量及懸浮固體等; 其中玉里大橋、太平溪橋及瑞穗大橋等測站，近十年來RPI值（River Pollution Index河川污染指數）皆為3.0以下，屬河川水質未受污染(或輕度污染)區域。
縣府環保局說明，RPI值介於2.0-3.0間或大於3.0時，其原因為降雨量所導致河川水質變化，造成其懸浮固體較高，進而呈現河川水質污染。查今年度河川水質監測，依環保署公告統計資料，秀姑巒溪三個測站中，玉里大橋及瑞穗大橋等兩測站，其RPI值多落於2.0以下，而太平溪橋測站RPI值則偶有大於3.5之情形。
依水域分析，秀姑巒溪上游畜牧業地處太平溪橋測站及瑞穗大橋測站之間，其畜牧業污染情形應當影響下游瑞穗大橋測站結果。惟，資料顯示：瑞穗大橋測站結果明顯較優於太平溪橋測站。
縣府農業處指出，農業處平日即輔導畜牧業者，做好場區自主衛生及規範其畜牧廢水設施正常運作之源頭管理，另配合環境保護局加強畜牧業排放廢水之檢驗稽查，經綜合分析，秀姑巒溪河川污染現況與秀姑巒溪上游畜牧業實無明顯相關。