自6月8日秋行軍蟲首例入侵台灣訊息傳出，花蓮縣政府立即於本(6)月13日由縣長徐榛蔚親自主持跨局處之秋行軍蟲疫情監控緊急應變小組會議，會中指示農業處、環保局、消防局及動植物防疫所等相關單位要全力配合中央防疫政策，以禦敵從嚴態度面對。為協助農友後續防疫處置及產業復建工作，並指示要儘速辦理作物清除後相關的補償評價作業，花蓮縣政府於6月20日公告「花蓮縣特定疫病蟲害作物補償評價委員會設置及作業要點」，並於6月21日召開秋行軍蟲作物清除補償評價會議，會議中決議依據農委會18日函示，補償費由中央及地方各支付二分之一為基準。此外，縣長徐榛蔚對於本案極為重視，在考量有機農業生產栽培管理投入之成本較一般慣行為高情形下，對於有機農田遭受災害部分，將提高補償費二成，並由縣府自籌財源支應。
啟動清除補償評價會議 有機農田增加兩成補償費
針對國內秋行軍蟲之防制，日前中央政策已指示進入第二階段工作，縣長徐榛蔚指示應儘速召開花蓮縣秋行軍蟲作物清除補償評價會議，以儘速協助產業復建，縣政府隨即於二十一日由秘書長顏新章召集並邀請農委會花蓮區農業改良場、農委會農糧署東區分署、吉安鄉公所、壽豐鄉公所、吉安鄉農會、壽豐鄉農會及縣府農業、財政、主計處等代表召開評價委員會議，經會議各委員討論後決議，有關本次秋行軍蟲危害而進行緊急防疫清除消毀之作物，如該農友之田區具有有機驗證，則由中央及花蓮縣政府各負擔補償費每公頃十九萬元的二分之一，另由花蓮縣政府自籌經費提高補助補償費的二成，即每公頃三萬八千元，以維護支持本縣有機農業之發展。
防疫工作不間斷 請農友持續配合
依據農委會通令指示，因國內秋行軍蟲已發現有成蟲個體，所以自十七日起進入第二階段災害防治作業，如發生秋行軍蟲發生案例，將由花蓮縣動植物防疫所督導以強制噴灑農委會動植物防疫檢疫局公告之緊急防治藥劑為原則，並在管制區掛牌警示，管制區至作物採收後，農民檢附施藥紀錄表送花蓮縣動植物防疫所轉農委會動植物防疫檢疫局解除管制。
另外，此次秋行軍蟲危害之有機田區部分，依據「秋行軍蟲災害防救第三次會議」決議，因有機驗證基準已經修正，緊急防疫使用的烏肥屬於化學肥料，因此當期有機田施用烏肥，作物則無法以有機產品販售，惟不影響下一期有機產品的販售，亦請農友勿過於擔心。
花蓮縣政府再次呼籲，請農友一定要持續配合防疫措施，而通報疫情除了可使用「農作物天然災害即時回報」APP系統外，亦可用電話通報。如有發現疑似蟲體請通報花蓮縣動植物防疫所（０3）8227431或行政院農委會動植物防疫檢疫局0800—039131。