近日網路上流傳，三棧溪是否假借疏濬的藉口以怪手開挖，導致生態遭到破壞；或是否計畫要施作親水設施等說法。針對此項爭議，花蓮縣政府建設處特此澄清，三棧溪目前進行的河道整理作業，係因應汛期來臨前的緊急應急措施，並非網路盛傳所謂的疏濬工程，更無施作親水設施之計畫。
三棧溪每逢雨季及颱風豪雨來襲，河水即會暴漲，水位如超過警戒線，秀林村及三棧村居民即須展開緊急撤村計畫，然而三棧社區居民進出的唯一聯絡道路，因位處三棧溪河段轉彎處之河川攻擊面，道路下邊坡已有遭淘刷之情形，為保護當地居民生命財產安全並符合河川管理辦法規定，縣府才規劃儘速於汛期前(每年5月1日汛期開始)完成河道整理以保護道路下邊坡之防汛整備工作。
縣府建設處表示，本次河道整理工作是縣府於109年基層座談會時，當地景美村村長之提案，後續於109年2月26日與村長及議員會勘達成共識後著手辦理，三棧橋上游右岸因屬洪水攻擊面(沖刷段)，為保護護岸基礎，避免三棧社區唯一的聯絡道路於颱風豪雨時遭洪水沖毀，此次三棧溪的河道整理工作是將三棧橋上游左岸（淤積段）砂石運往三棧橋右岸回填於洪水攻撃面，除可穩定河水流心外，也可保護沖刷處之護岸基礎及聯外道路安全，此為河川管理上常使用的整治手段，且本次除了河道整理工作外，並無設置任何親水設施。
建設處也提出說明，「疏濬」是以工程手段，將淤積土石清離水道以穩定流路，加速洪流宣洩並增加河道通洪斷面；「河道整理」則係以工程手段將河道內淤積土石挖除攤平於河道內水流衝擊處、低窪處、堤前高灘地或其他適當地點，係在挖填平衡下為河川斷面整理，以穩定流路加速水流宣洩。河道整理對於影響生態是無可避免的，然在需兼顧河防安全及減少生態破壞原則下，河道整理屬於對生態衝擊影響較輕微的工程措施，採就地取材方式施工，可加速其自然回復速度。